ポータブル版の Skype は存在しないのですが、自分でこしらえることができます。

作成手順は以下のとおりです (参照：「USBドライブで使うPortable Skypeの設定方法」)。

１) Skype を PC にインストール (ここでは C ドライブにインストールと仮定)

２) C:Program FilesSkype (注：Vista では同じディレクトリかどうか分かりません) 内のすべてのファイル (本体は Phone フォルダ内にある) を USB にコピー

→ PortableAppPortableSkypeProgram FilesSkypePhone

３) C:Documents and Settingsユーザー名Application DataSkype 内のデータ・ファイルを USB にコピー

→ PortableAppPortableSkypeProgram FilesSkypedata

４) これも上述した PStart に放り込んでしまいましょう。その上で、
ポータブル Skype を実行したときに USB 内のデータ・ファイルをポイントするよう、
次の設定をします：item タブの中に skype.exe を追加し、
アイコンを右クリックして Properties を開き、
General タブ内の [Command line parameters (optional)] の欄に
「/datapath:”PortableAppPortableSkypedata” /removable」と入力します

(ちなみに [Application / file path] 欄は「PortableAppPortableSkypePhoneSkype.exe」となっているはずです)。

※このサイトを参照しました
http://kengo.preston-net.com/archives/002415.shtml